长期从事 AI for Science领域 的研究工作。针对分子设计难度大、成本高、周期长的瓶颈，开展AI驱动的小分子/多肽/蛋白/小核酸从头设计，重点研究“专家智慧+通用AI+专用AI+湿实验机器人”四位一体协作分子设计理论，构建全链条干湿闭环智能分子设计平台，以期显著提升分子设计成功率和效率，相关工作已以主要作者身份发表于Nature Machine Intelligence、Advanced Science等期刊。目前研究兴趣包括:

• AI基础研究：多智能体、大语言模型、分子表示学习
• AI for Science研究：小分子/多肽/蛋白/小核酸/递送材料从头设计、靶标发现、合成规划

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🎓 教育经历

2019.9 - 2024.6   硕博 - 兰州大学，化学化工学院(专业：化学信息学，导师：姚小军教授)
2015.9 - 2019.6   本科 - 青海大学，计算机学院(专业：计算机科学与技术)

🧑‍💻 工作经历

2024.10 - 今    贵州大学 公共大数据国家重点实验室/计算机科学与技术学院，特聘教授
2024.10 - 今    贵州大学 绿色农药全国重点实验室，流动研究人员
2022.7  - 2023.4  北京智源人工智能研究院 付杰团队，研究实习
2020.8  - 2022.6  腾讯公司 量子实验室，联合培养(合作导师：谢昌谕博士)

🏛️ 学术兼职

2025.8  - 今   《Innovation》期刊(综合一区 IF=25.7)，青年编委
2025.8  - 今   《iMeta》期刊(生物一区 IF=33.2)，青年编委
2024.9  - 今   《Exploration》期刊(综合一区 IF=22.5)，青年编委(获杰出青年编委奖)
2024.8  - 今    中斯茶叶绿色防控一带一路国际联合实验室， 创始建设参与
2025.1、2025.8   贵州省大数据局项目评审专家组，组长
2026.1       第六届国际绿色植保技术创新会议，组委会委员

📑 科研项目

[1]国家数据局数据集先行先试项目,全国作物病虫草-农药多模态植物保护数据集,2026,课题负责人
[2]国家自然科学基金地区项目,基于人工智能的麦田蚜虫RNAi基因挖掘及RNAi农药设计,32万,2026,主持
[3]贵州大学人才引进特岗项目,多约束小分子生成设计新方法研究,40万,2024,主持

👥 团队成员

深度合作导师：郝格非¹、姚小军²、王崎³、杨文超⁴ (不分先后)
深度合作伙伴：王晓瑞，浙江大学侯廷军教授课题组博士后，研究方向为AI合成规划

📝 学术论文

[1] Li et al. An adaptive graph learning method for automated molecular interactions and properties predictions. Nature Machine Intelligence IF=23.8^▴ [HTML] [PDF]

[2] Li et al. Introducing block design in graph neural networks for molecular properties prediction. Chemical Engineering Journal IF=16.7^▴ [HTML] [PDF]

[3] Li* et al. Spectral decomposition of chemical semantics for activity cliffs-aware molecular property prediction. Advanced Science IF=14.1^▴ [HTML] [PDF]

[4] Li^† et al. TrimNet: learning molecular representation from triplet messages for biomedicine. Briefings in Bioinformatics IF=13.9^▴ [HTML] [PDF]

[5] Li^† et al. RetroPrime: A Diverse, plausible and Transformer-based method for Single-Step retrosynthesis predictions. Chemical Engineering Journal IF=16.7^▴ [HTML] [PDF]

*主要通讯 ^†共一排二 ^▴发表当年IF
一定程度代表该刊当年认可度及发表难度，主要是懒得年年更新最新IF

所有论文

2025年度

• [2025d] Chaoyang Xie, Junhu Xu, Guangyi Huang, Shihang Wang, Mutian He, Xinyu Dong, Huiyang Hong, Xiaojun Yao, Qi Wang*, Yuquan Li*. Spectral decomposition of chemical semantics for activity cliffs-aware molecular property prediction[J]. Advanced Science, 2025. (accept)
• [2025c] Yanan Tian, Ruiqiang Lu, Xiaoqing Gong, Yuquan Li, Wei Zhao, Xiaorui, Wang, Xinming Jia, Qin Li, Yuwei Yang, Henry H. Y. Tong, Joel P. Arrais*, Huanxiang Liu*, Xiaojun Yao*,. Enhancing Kinase-Inhibitor Activity and Selectivity Prediction Through Multimodal and Multiscale Contrastive Learning with Attention Consistency[J]. Nature Communications,16,10860(2025). [HTML] [PDF]
• [2025b] Xiaorui Wang†, Xiaodan Yin†, Xujun Zhang†, Huifeng Zhao, Shukai Gu, Zhenxing Wu, Odin Zhang, Wenjia Qian, Yuansheng Huang, Yuquan Li, Dejun Jiang, Mingyang Wang, Huanxiang Liu, Xiaojun Yao*, Chang-Yu Hsieh*, Tingjun Hou*. A virtual platform for automated hybrid organic-enzymatic synthesis planning[J]. Nature Communications,16,10929(2025). [HTML] [PDF]
• [2025a] Zhenglu Chen, Chunbin Gu*, Shuoyan Tan, Xiaorui Wang, Yuquan Li, Mutian He, Ruiqiang Lu, Shijia Sun, Chang-Yu Hsieh*, Xiaojun Yao*, Huanxiang Liu*, Pheng-Ann Heng. A virtual platform for automated hybrid organic-enzymatic synthesis planning[J]. Advanced Science, 2025. [HTML] [PDF]

2024年度

• [2024a] Xiaorui Wang, Xiaodan Yin, Dejun Jiang, Huifeng Zhao, Zhenxing Wu, Odin Zhang, Jike Wang, Yuquan Li, Yafeng Deng, Huanxiang Liu, Pei Luo, Yuqiang Han, Tingjun Hou*, Xiaojun Yao*, Chang-Yu Hsieh*. Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites[J]. Nature Communications, 2024, 15(1): 7348. [HTML] [PDF]

2023年度

• [2023a] Xiaorui Wang†, Chang-Yu Hsieh†, Xiaodan Yin, Jike Wang, Yuquan Li, Yafeng Deng, Dejun Jiang, Zhenxing Wu, Hongyan Du, Hongming Chen, Yun Li, Huanxiang Liu, Yuwei Wang, Pei Luo, Tingjun Hou*, Xiaojun Yao*. Generic Interpretable Reaction Condition Predictions with Open Reaction Condition Datasets and Unsupervised Learning of Reaction Center[J]. Research, 2023, 6: 0231. [HTML] [PDF]

2022年度

• [2022a] Yuquan Li†, Chang-Yu Hsieh†, Ruiqiang Lu, Xiaoqing Gong, Xiaorui Wang, Pengyong Li, Shuo Liu, Yanan Tian, Dejun Jiang, Jiaxian Yan, Qifeng Bai, Huanxiang Liu, Shengyu Zhang , Xiaojun Yao*. An adaptive graph learning method for automated molecular interactions and properties predictions[J]. Nature Machine Intelligence, 2022, 4(7):645-651. [HTML] [PDF]

2021年度

• [2021c] Pengyong Li†, Yuquan Li†, Chang-Yu Hsieh, Shengyu Zhang, Xianggen Liu, Huanxiang Liu, Sen Song*, Xiaojun Yao*. TrimNet: learning molecular representation from triplet messages for biomedicine[J]. Briefings in Bioinformatics, 2021, 22(4): bbaa266.[HTML] [PDF]
• [2021b] Xiaorui Wang†, Yuquan Li†, Jiezhong Qiu, Guangyong Chen, Huanxiang Liu, Benben Liao*, Chang-Yu Hsieh*, Xiaojun Yao*. RetroPrime: A Diverse, plausible and Transformer-based method for Single-Step retrosynthesis predictions[J]. Chemical Engineering Journal, 2021, 420: 129845. [HTML] [PDF]
• [2021a] Yuquan Li, Pengyong Li, Xing Yang, Chang-Yu Hsieh, Shengyu Zhang, Xiaorui Wang, Ruiqiang Lu, Huanxiang Liu, Xiaojun Yao*. Introducing block design in graph neural networks for molecular properties prediction[J]. Chemical Engineering Journal, 2021, 414: 128817. [HTML] [PDF]

🌟 奖项荣誉

2025.9    《Exploration》期刊 2025年度杰出青年编委奖
2024.10    贵州大学一流学科建设特别引进人才

🏛️ 学术活动

2025.11   扬州大学，保绿兴农学术大讲堂，报告题目：人工智能辅助农药设计
2025.10   第十四届全国生物信息学与系统生物学学术大会药物发现分会，报告题目：多目标梯度引导分子生成
2023.3     兰州大学第十五届研究生学术年会，报告题目：化学×AI，现在与未来
2023.5-今   iMeta、Nature Communications等期刊审稿人
2021.9-今   中国植保学会、中国人工智能学会、中国计算机学会、中国化学会， 专业会员

🙌 其他

大乱斗，War3 RPG/RTS，DNF
传世烧火棍*5 拥有者
我清楚的知道，人与人之间的道路是不可复制的，我躺在我自己的床上。